L'épuration du premier étage est réalisée par un système de rhizomes et de racines de plantes dans un substrat, associés à des micro-organismes. Une alternance de phases d'inondation et d'exondation des Lits du premier étage assure le maintien de conditions de traitements aérobies. L'effluent y est épuré par percolation dans le substrat : les matières non solubles sont retenues par filtration mécanique puis minéralisées en condition aérobie pendant les périodes de repos, et les substances solubles sont consommées par les micro-organismes épurateurs fixés dans le système granulats-rhizosphère. Cet étage est planté de roseaux.

Le deuxième étage est également un Lit Planté à écoulement vertical. Son fonctionnement est proche de celui du premier étage, sauf qu'il ne reçoit pas de boue primaire en surface, que la filtration y est plus fine en raison de la granulométrie de son substrat et la répartition est assurée par une rampe d'aspersion. De nombreuses espèces y sont plantées : massettes, iris des marais, salicaires, rubaniers, menthes aquatiques... Cet étage agrémente l'aspect paysager de l'unité de traitement.

En sortie du deuxième étage les effluents alimentent une noue d'infiltration. Il s'agit d'un fossé évasé et planté. Le saule-osier (espèce ligneuse) convient parfaitement. Des granulats dans le fond assurent le transfert des effluents sans qu'ils n'apparaissent en surface.